食糧不足のご時世に低所得層の自給自足手段として作られ、第二次世の中大戦時には土地の有効応用として政府が「Digforvictory(勝利のために掘れ)」と促したこともあった。
その後昭和50年頃に、農林水産省の通達によって、レクリエーション農園の据え付けが認められて、地方公共団体による市民農園として全国的に一般化していった。
現時点でのように趣味として使用するようになったのは、昭和30年後半頃であり、農地法の規制を守りながら使用していた。
その後、農薬や化学肥料を使用する農法を嫌う人々の利用が増加し、低所得層だけでなく、多様な層が利用するに至った。
日本に市民農園が設けられたのは明治時代の末期で、東京・滝の川に種苗商が開園したのが一番目である。
歴史的に有名な、アロットメントは、19世紀前半にイギリスに設けられた市民農園である。
太平洋戦争中には、食料自給の目的で、芋類、穀物類などが栽培され、戦後も食料不足のために、食料自給のため続けられた。
その後に、京都、境などに設けられた。